Skladovanie tovaru v areáli spoločnosti Interport je ďalšou z nosných činností spoločnosti.
Skladovacie aktivity sú zamerané pre účely kombinovanej dopravy, skladovanie a prekladanie kontajnerov a komiónov, skladovanie kusového materiálu a paletizovaného materiálu, ako aj sypkých materiálov a skladovanie náhradných dielov pre výrobkovú, opravárenskú a technologickú kompletáž.
Sklad je vybavený kvalitným softvérovým vybavením s americkými snímačmi čiarových kódov SYMBOL.
Čiarové kódy umiestnené na skladovaných tovaroch umožňujú bezchybnú a presnú evidenciu všetkých prichádzajúcich a odchádzajúcich tovarov, ako aj aktuálny stav skladu.
Vonkajšie skladovanie
Vonkajšie skladovanie umožňuje uskladnenie tovaru na voľných spevnených skladových plochách prípadne rampách po vykládke z vozňov resp. kamiónov. Kapacita vonkajších skladových plôch je 20 000 m2. Druh skladovaného tovaru je podmienený uskladnením pod holým nebom, čo prakticky vylučuje uskladniť tovary podliehajúce skaze, krehké tovary, resp. tovary s vysokou pridanou hodnotou. Celý vonkajší sklad je zároveň colným priestorom, to znamená, že je možné uskladniť aj tovar pod colným dohľadom.
Vnútorné skladovanie
Vnútorným skladovaním je krytý colný sklad. Krytý colný sklad má rozlohu 2 ha a je v kombinácii so širokorozchodnou traťou unikátom medzi prekladiskami na Slovensku. V krytom colnom sklade je možné preskladniť predovšetkým tovar s vysokou pridanou hodnotou, tovar podliehajúci poveternostným vplyvom ako aj akýkoľvek paletovaný tovar. Spoločnosť IS má vydanú záručnú listinu, ktorou ručí za všetok colný tovar do stanovenej výšky. Hodnota colného dlhu v skladoch nesmie prekročiť výšku záručnej listiny vydanej na tento sklad. Celý krytý sklad je poistený proti prípadným stratám a poškodeniu tovaru, čím spoločnosť IS garantuje svojim zákazníkom refinancovanie prípadnej straty kvality.